查找一个基因的启动子序列

查找一个基因的启动子序列

如何查找某个gene的promoter sequence?

首先,知道启动子在哪里?

启动子通常位于转录起始位点(transcription start site,TSS)或第一个exon的上游 其次,找gene的TSS

对于注释好的物种的基因组,就很好找其promoter sequence了。可以去NCBI, Ensembl或UCSC。 其他

人类的启动子相关数据库

Biobase TransPro

mPROMDB

CSH TRED

Eukaryotic Promoter Databse(EPD) promoter sequence of a Gene from Ensembl

--以Ensembl为例-- 1 打开上述Ensembl网址,选择物种,以示例中的BRCA2为例

点击上图红框

2 点击sequence

点击sequence

3 粉色背景红色文本为exons,第一个exon前面的sequence即为promoter sequence,默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp,按下面

窗口就会更新了。

4为了确定是否正确(主要是TSS位点),可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer

复制ensembl的 promoter sequence

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