如何查找某个gene的promoter sequence?
首先,知道启动子在哪里?
启动子通常位于转录起始位点(transcription start site,TSS)或第一个exon的上游 其次,找gene的TSS
对于注释好的物种的基因组,就很好找其promoter sequence了。可以去NCBI, Ensembl或UCSC。 其他
人类的启动子相关数据库
Biobase TransPro
mPROMDB
CSH TRED
Eukaryotic Promoter Databse(EPD) promoter sequence of a Gene from Ensembl
--以Ensembl为例-- 1 打开上述Ensembl网址,选择物种,以示例中的BRCA2为例
点击上图红框
2 点击sequence
点击sequence
3 粉色背景红色文本为exons,第一个exon前面的sequence即为promoter sequence,默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp,按下面
窗口就会更新了。
4为了确定是否正确(主要是TSS位点),可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer
复制ensembl的 promoter sequence
---- END